画面が小さい

画面の大きさに関しては、やっぱりデスクトップにはかないません。
“見やすさ”の軍配はデスクトップですね。
自分の居場所（書斎がある人・ＳＯＨＯ系）がハッキリしている人には
デスクトップのほうがいいかもしれません。

テンキーがない

ノートパソコンにはテンキーがありません。
パソコンで家計簿などを管理したい方には打ちにくいかもしれません。
私はいまだに手書き派なので問題はありませんが・・・。

増設

ノートパソコンは拡張性がほとんどありません。
増設機器を内蔵できないんですね。
でも私のような初心者の方は増設機器なんて必要ありません。
そのままで十分に使えます。

高価格

同じ性能ならノートパソコンのほうが高い、というのが
最大のデメリットでしょうか。
でも最近ではその価格差は確実に縮まっています。